#はじめに
ひょんなことから今年もpitagora-galaxyのみなさまとIIBMP2019でスライド発表してきました。
では、そちらをご紹介させていただきます。
※大会のスライドをちょっと変更しました。

・解析ツールを作成する際、自前のPCへ様々なパッケージとソフトをインストールしないといけません。
※今回はRNAseqという解析を例にしております。

・動作確認してうまくいったら完成！

・使いやすい〜！

・（じぶんだけ）

・共有したい時にいろいろ面倒・・・

・Docker様の登場です。

・Dockerのいいところを並べてみました。

・dockerイメージの説明です。いろんなイメージをダウンロードできるのです。おなじみのUbuntuやPythonなどの公式イメージもありますよ。

・・・・・・・・・
（あれ、これって去年と一緒じゃね？）

・今年は簡単な操作方法とデモ動画をご紹介①
去年との差別化や！！！

・今年は簡単な操作方法とデモ動画をご紹介②

・必要なイメージが存在してたらラッキー！！（だいたいあります。）

・理想を追い求めたい時もあります。

・自分でも作れます！Dockerfileを作成し、ビルドするとDockerイメージになります。

###たとえばこんな感じに書きます。
###IGV用のbatchスクリプトを作成するDockerイメージです。
参考URL：
筆者のひとりごと・IGV①
筆者のひとりごと・IGV②
筆者のひとりごと・IGV③
筆者のひとりごと・IGV④
筆者のひとりごと・IGV⑤
※いつかQiitaに載せたい。
→ほんまもんはこちら：petadimensionlab/docker_16s_vsearchのDockerfile

dockerfile

FROM alpine:3.10
MAINTAINER petadimensionlab

ENV SAMTOOLS_VERSION 1.9

RUN apk --update add --no-cache build-base zlib-dev bzip2-dev xz-dev ncurses-dev ca-certificates wget; \
wget -q https://github.com/samtools/samtools/releases/download/${SAMTOOLS_VERSION}/samtools-${SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2; \
tar xjvf samtools-${SAMTOOLS_VERSION}.tar.bz2; \
cd /samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/ && make; \
mv /samtools-${SAMTOOLS_VERSION}/samtools /bin/; \
rm -rf /samtools*; \
apk del build-base zlib-dev ca-certificates wget

RUN apk --update add --no-cache \
    python3 \
    python3-dev \
    nano \
    curl \
&& pip3 install --upgrade pip 

COPY igv_samtools_docker.py /tmp
COPY igv_batch_docker.py /tmp

WORKDIR /

###アップロード（build）方法は・・・・？？

command

# dockerfileのあるディレクトへ移動
$ cd dockerfile/　
# buildコマンド
$ docker build -t igv_batch:1.0 .
（　　docker build -t イメージ名:タグ名 .　　）

・DockerHubとは。

・DockerfleはDockerhubにアップロードします。
・共同研究者や使用したい人がDockerイメージをダウンロードして各々で使用してもらえます！

・はい、2019年もみんな幸せ！！

気になる点・問題点については2018年を振り返ってみましょう！

細菌叢解析ツールの共有〜Dockerコンテナで幸せになる方法②〜

・Dockerむずいよ〜
・もっとお手軽に環境構築・共有したいよ〜

・みんな大好き？グーグル先生から提供されております。

・おてがる。

・ちょうおてがる。

・Rstudiocloudはだいぶ重たいけど。。。けっこう軽かったですよ。

・もっと気になになるかたはグーグル先生に聞いてみよう！

おわり。

とみせかけて、おまけのおまけ。

Galaxy Advent Calendar 12月11日・12日にDocker-composeをご紹介！！
Dockerをもっと手軽に使えるツールをご紹介。（※作成する側は・・・うん、まあ。。。）

おわり。

##参考URL
効率的に安全な Dockerfile を作るには

大会スライドのフルバージョン（pitagora-galaxy公式Twitter）

・過去の記事リンク
RstudioCloudの使い方
 Docker for Mac 勉強メモ〜インストール〜
Docker for Mac 勉強メモ〜コマンド集〜
超新人プログラマー(見習)がまず手にした本と参考にしたWEBサイト〜Docker編〜
細菌叢解析ツールの共有〜Dockerコンテナで幸せになる方法①〜
細菌叢解析ツールの共有〜Dockerコンテナで幸せになる方法②〜