一回、観覧した記事　印をつける　方法

動作は保証しませんが,Chromeの拡張機能としていくつかあるようです.

これは経験上語りますがだいたい一度見た記事は(目的あっての調べ物なら特に)もっかい見に来ます.
素直にブックマークとかしとくと得した気分になると思います.

キャッシュを削除しなければ良いかと思いますが、削除しなければならない理由があるのでしょうか？

プログラミングの検索するのに、１回見た記事を見ないようにするため。

上記については同様の内容で再度検索している結果なので、何度も同じサイトを見るのは問題ないと思います。知識が身に付いたときに自然に同じサイトを見ることは少なくなるでしょう。また、経験上ですが同じ記事でも更新されている場合もあり再度読む価値がないとは言い切れないかと思います。