■ 画像を表示したいが、エラーが出てしまう
@mizu4myさま
アドバイスほんとうに感謝しております。
【DICOM】【入門】Pydicomの使い方###
を読み、いろいろ試しております。
解決方法を教えて下さい。
下記コードをいれ、何とか、dicomデータを読めました。
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline
import pydicom
import cv2
file = pydicom.dcmread('test.dcm')
print(file)
上記で、読めることは確認できました。下記を走らすとエラーが出ます。
file = pydicom.dcmread('test.dcm')
img = file.pixel_array
plt.imshow(img)
plt.show()
発生している問題・エラー
出ているエラーメッセージを入力
---------------------------------------------------------------------------
RuntimeError Traceback (most recent call last)
Cell In[106], line 2
1 file = pydicom.dcmread('test.dcm')
----> 2 img = file.pixel_array
3 plt.imshow(img)
4 plt.show()
File ~\anaconda3\Lib\site-packages\pydicom\dataset.py:1955, in Dataset.pixel_array(self)
1940 @property
1941 def pixel_array(self) -> "numpy.ndarray":
1942 """Return the pixel data as a :class:`numpy.ndarray`.
1943
1944 .. versionchanged:: 1.4
(...)
1953 :class:`numpy.ndarray`.
1954 """
-> 1955 self.convert_pixel_data()
1956 return cast("numpy.ndarray", self._pixel_array)
File ~\anaconda3\Lib\site-packages\pydicom\dataset.py:1512, in Dataset.convert_pixel_data(self, handler_name)
1510 self._convert_pixel_data_using_handler(handler_name)
1511 else:
-> 1512 self._convert_pixel_data_without_handler()
File ~\anaconda3\Lib\site-packages\pydicom\dataset.py:1599, in Dataset._convert_pixel_data_without_handler(self)
1593 names = [hh_deps[name][1] for name in missing]
1594 pkg_msg.append(
1595 f"{hh.HANDLER_NAME} "
1596 f"(req. {', '.join(names)})"
1597 )
-> 1599 raise RuntimeError(msg + ', '.join(pkg_msg))
1601 last_exception = None
1602 for handler in available_handlers:
RuntimeError: The following handlers are available to decode the pixel data however they are missing required dependencies: GDCM (req. ), pylibjpeg (req. )```
上記のエラーが出ており、解決ができません。大変申し訳ありませんが、アドバイスいただけたら幸いです。
村井 茂
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