サーバーの場所を変えたい

できれば日本にサーバーを置きたいのですができますか？

ホスティングサービス会社のサポートに聞くべき話です。ここで聞くのは筋違いでしょう。

https://www.aguse.jp/

自分が利用しているXREAサーバのURLを照会したら、
新宿のすぐ横にピンが立ちました。
本当ですか？

対応しているリージョンが存在するか、
また、リージョンの変更が可能か確認してみてはいかがでしょう。

cloudflareを使っているならエッジサーバー繋ぐことになるので、サイトへ接続している人に一番近いエッジサーバーに繋げに行ってる気がします。
なので、物理的なサーバー位置は意外と影響が少ないのかも？