GitHubへのスクリプトアップロード：標準フォルダ構成とベストプラクティス

言語やフレームワークごとに推奨されるディレクトリがあるので、それらを調べてください。
言語・フレームワーク問わず、すべてのプロジェクトで共通するディレクトリ構造のベストプラクティスなんてありませんし、ありえません。

ソフトウェア開発の経験が無いようにも思えませんし、GitHubにあるものを見たことが無いわけでもなさそうです。

自分で作成したスクリプト
とはどのようなものなのでしょう？
GitHubで管理しようとしているそのスクリプトについて、具体的なイメージがあればアドバイスが得やすいと思います。