Gitの再クローン方法がわからない

解決したいこと

1度クローンし、作業していたところエラーが発生したため再度クローンしなおそうと思い、
ローカルのGitフォルダ（自身で作成）直下にクローンしたローカルレポジトリをそのまま削除しました。

ただ、再度クローンを試しても途中でエラー
git did not exit cleanly（exit code 128）
と出てしまいます。

これはそもそもローカルレポジトリをそのまま削除したことが悪かったんでしょうか。

解決方法があれば、教えてください。
GitはGUIで操作しています。