こんにちは。
MySQLはどちらでホストされていますでしょうか。Virtual Machineでしょうか、Azure Database for MySQLでしょうか。
どちらにせよ、以下はまず参考になると思うので見ておくと良いのではないかと思います。
https://docs.microsoft.com/ja-jp/azure/mysql/concepts-security
通信はSSL/TLSで暗号化し、アクセス元は何かしら制限することです。
アクセス元制限についてはパブリックIPアドレスの制限もありますし、パブリックにアクセスさせてIP制限するよりもVNET内に構築してVPNや専用線などプライベート通信のみに制限するとよりセキュアになると思います。
他には、直接TCPでMySQLへアクセスさせずに、データベースリソースへのアクセスをAzure上にWeb APIサーバーなどにまかせて、WindowsクライアントからはHTTPレイヤーでAPIと通信する方法もあります。
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