javaでコードを修正後に再度コンパイルするときって毎回classファイルを消すんですか？

解決したいこと

現在スッキリわかるJAVA入門という本の練習問題6章を解いています。エディタはVS codeを使っています。
主にパッケージとインポート、複数ファイルを用いたプログラムを書く練習をする章なのですが、一つ疑問があります。

一度コンパイルしたclassファイルに修正を加えるために、元のjavaファイルに修正を加えて再度コンパイルするときって毎回最初のclassファイルを削除して置き換えないと行けないのですか？
今はファイル数が少ないから良いですけどのちのち時間がめちゃくちゃかかりそうな気がしてまして...
既にパッケージ分けするために数回層のフォルダにclassファイルを分けて置き換えてってやっているのでそれだけでもある程度手間ですし、今後もっとファイルが増えていくと考えると修正して再コンパイルするたびにに「javac Main.java One.java Two Java....」みたいに入力するだけでもかなり手間ですしエラーも起きやすそうじゃないかと思いまして。

パッケージやインポートを使っている以上全て同時にコンパイルしないといけないので、とりあえず全部再コンパイルして修正したファイルだけ置き換える感じが普通なのでしょうか。

もしかしたら今後教科書で触れてくれるのかもしれませんが、大規模な開発をするときとかってjavaファイルに修正を加えて再コンパイルするときはどういう手段を使っているのか知りたいです。

プログラミング初心者ですのでもしかしたら的はずれな質問をしているのかもしれませんし、伝わりづらい部分もあると思いますが是非コメントしていただけると助かります...!