Windows11においてメインユーザーとサブユーザーのデータを完全に同期させたい

%HOME%ごとなら難しいというか無理に近いと思われます。

• まずレジストリが絡んでいるので競合が発生して最悪Windowsが動かなくなります。
• システムの隠しファイルの競合が発生します。
• デスクトップシンボリックリンクしてるとのことですが、インストーラーのデスクトップショートカットで競合が発生します。
• セキュリティー的に脆弱になります。同じパーミッションを与えている以上、メインもサブも喰らう羽目になります。
• パーミッションをチェックしているプログラムによっては、セキュリティ的に正常動作してくれないアプリケーションがあります。

Cドライブ直下にフォルダを作って、それを共有なさった方が堅実かと思います。