自作matplotlib拡張をmpl-third-paryに登録する
mpl-third-paryへの登録 僕は基本matplotlibを使って論文等のFigureを作るのだが、たまに、目的の図を描くための既存ライブラリがなく、自分用にツールを作る羽目になることが...
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Seabornがめっちゃ進化していた！
Next-generation seaborn interface なんか、知らない間にseabornのinterfaceがめちゃくちゃ進化していたので共有 (https://seaborn.p...
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MatplotlibのSubplotをより簡単に
MatplotlibのSubplotをより簡単に。 度々投稿してきた自作ライブラリpatchworklibの紹介記事最終版。自分が欲しい機能はほぼ実装できたので、あとは整ったドキュメントつくれば...
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matplotlibで派手な円形の図を作るライブラリを開発してみた。
Pycircosをの紹介 この記事は自分が開発している、pyCircosについての紹介記事である。 https://github.com/ponnhide/pyCircos 開発の背景 派手な円...
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pythonでテキストファイルに書き込みするならwrite使うよりprint使う方が簡単だよ。
Pythonでテキストファイルに書き込み 今日は、Pythonを書く人なら誰でも知っていると思われる、テキストファイルの書き込みについての小ネタ。 なぜか、「python、ファイル、書き込み」と...
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複数のseabonやplotnineのplotを並べる。
はじめに この記事で紹介しているmaplotlib用のパッケージpatchworklibを用いると、以下のような図版が簡単に作れるようになる。図版作成で時間を浪費してる方には是非使ってみて欲しい...
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階層構造を持ったdictionaryの作り方。
そんなの五秒で実装できるのでは？ 後輩A君から「Pythonで階層構造を持った辞書を作りたい」という質問がきた。当然、 「そんなの五秒でできるジャン」 と思ったわけである。しかし結局、質問に答え...
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Global変数をmodule間やmainとmoduleの間で共有する方法
Python関連小ネタ これは、 Python Advent Calendar 2021 https://qiita.com/advent-calendar/2021/python の16日目...
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patchworklibを使って複数のplotを組み合わせる
patchworklib この記事は、matplotlibのsubplotはもうやめたい その２の続きである。 最近、matplotlibで作ったplotを簡単に並べるためのツールpatchwo...
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matplotlibのsubplotはもうやめたい その２
Matplotlibのsubplotが使いにく過ぎて、はるか昔にこんな記事を書いた。https://qiita.com/ponnhide/items/fb375a610e4a9c0f743a 今...
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データの加工と可視化のスクリプトは分けようよという話。
最近、PythonやRではどんどん便利なパッケージが開発されている。例えば、Pandasなんかではテーブルデータを整形をするためのメソッドだけでなく、可視化のためのメソッドまで用意されている。な...
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Pythonと生命科学
https://qiita.com/ponnhide/items/870f0e6b1ae50f201f07 の続き。生命科学とプログラミング的な話題について講義したのだが、反応は微妙だった気がす...
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Python 入門
大学の授業で、PythonとBioPythonの講義をしたときにつかったテキストの一部。 授業回数が３回しかなかったため、Python入門といいつつ、色々と割愛してしまっているし、そのせいで、少...
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pythonの参照について
Pythonでつまづいたこと コメントでも指摘されているが、前提としてPythonにそもそも参照渡しは存在しない。以下の記事を参考。 https://qiita.com/raccy/items/...
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matplotlibのsubplotはもうやめたい
subplotで疲れるのはもうやめたい。 matplotlibで、Figureを並べて表示するのは割と疲れる。いや、GridSpecみたいな便利な機能があるのはしっている。https://qii...
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Matplotlib で 複数グラフを自由自在に配置する！
Matplotlib で複数のグラフを自由自在に配置する 今回、作成したは以下の図。 上記のような図をmatplotlibで作成するのは意外と難しい。 まず、思いつくのはsubplotを持ちいる...
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matplotlib:histgram normedの挙動
matplotlibでhistgram matplotlibでヒストグラムを作る際にハマったことのメモ normedの落とし穴 matplotlibでヒストグラムをつくるときに使う matplo...
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Python Matplotlib で Chord Diagram
Chord Diagram Chord diagram はグループ間同士の結びつきや、関連性の大きさを図示するときに使う手法。生物学の分野では、よく環状ゲノムを有する生物(バクテリア等）に対して...
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Numpy を使わない多次元配列計算 その２
Numpyを使わない多次元配列計算 以前に、http://qiita.com/ponnhide/items/c919f3bc549d1228c800 の記事で、numpyを用いない配列計算につい...
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pythonで空の多次元配列
空の多次元配列を作成するときにハマったことのメモ 空の２次元配列の作成 スクリプトの中で、空の2次元配列を作りたいなぁと思い、以下のようなコードで作成してみた。 hoge = [[]] * 5 ...
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