Clara Parabricks4.0を利用する その3
Clara Parabricks V4.0を利用する Clara Parabricksのgermlineワークフロー germline ワークフローは fastqをリファレンス配列にマッピングし...
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Clara Parabricks4.0を利用する その2
Clara Parabricks V4.0を利用する Clara Parabricksのhaplotypecallerツール haplotypecallerはリファレンス配列にマップされたリード...
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Clara Parabricks4.0を利用する その1
Clara Parabricks V4.0を利用する Clara Parabricksって何? nVidia社提供のGPUを利用してゲノム解析を高速に実行するためのパッケージ 3.xまでは年間ラ...
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Juman++ V2 を m1 macにインストール
Juman++ V2 を m1 macにインストール Juman++ Version: 2.0.0-rc3を m1 mac にインストールする 基本的には、githubの手順に従ってインストール...
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M1を搭載した Macbook Proでbwaを実行してみる
M1チップを搭載したMacbook proでbwa ペアエンドのショートリードをbwaを用いてマッピングを行ってみた 手順は次の通り bwaのコンパイル ヒトゲノムのリファレンス配列のダウンロー...
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Joblibを使ってみる(1/2)
Joblibを利用して処理を並列化してみる PythonでのJoblibを利用する事で並列処理が容易に記述できるので、その手順についてのメモ Install pipコマンドを利用してインストール...
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MySQL ShellをPythonモードで使ってみた その1
MySQL ShellをPythonモードで使ってみた Oracle主催のMySQL Technology Cafe #7でMySQL Shellのハンズオンがセミナーが開催されたのでMySQL...
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CDSの変異情報から翻訳後のタンパク質の配列情報を取得する
遺伝子のコーディングシーケンス(CDS)上の変異の影響を見る CDS上の塩基を変化させた場合に起こるアミノ酸への変異の影響を概観する 手順 Refseq NMのIDから適当な方法でCDSを取得す...
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ヒト変異のHGVS表記の変換(vep api)
変異のHGVS表記の相互変換 これまでに、ヒトゲノムの変異のHGVSの変換を行うために、変異のHGVS表記の相互変換(Ensembl variant_recoder)や変異のHGVS表記の変換(...
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Galaxy Release v19.09が出たよ その1
可視化ツールが追加された 2019年9月に公開となったGalaxy Release v19.09には次の可視化ツールが追加されています 画像への注釈ツール テキストの注記と線でのマーキングが可能...
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検証用にOS X El Capitan環境を準備するのに手間がかかる
macOS Mojaveに移行後に、OS X El Capitanの検証環境を作成 macOS Mojave を利用していて、El Capitanの動作環境を構築するのは以外に手間がかかる 20...
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uta_20180821をローカルで利用できるようにする
uta_20180821をローカルで利用できるようにする 変異のHGVS表記の変換ツールpython hgvsをローカルリソースのみで実行するでは、uta_20180821を利用できずにuta_...
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変異のHGVS表記の変換ツールpython hgvsをローカルリソースのみで実行する
python hgvsローカルで実行する python hgvsをローカルシステムだけで実行するには seqrepo: シーケンスデータファイルを格納したファイルコンテナの作成 Docker H...
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Singularity Desktop for macOS (Alpha Preview)を利用してみる
macOS上で動作する Singularity を利用してみる Sylabs.ioで公開された、Singularity Desktop for macOS (Alpha Preview)を利用し...
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ゲノムの任意の位置の塩基配列を取得したい
ゲノムの任意の位置の塩基配列の取得 ポイント bgzipでFastaファイルを圧縮しておく fastaファイルの取得時に圧縮がかかっている場合は、まず展開する samtools faidx コマ...
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javaのupdate
A critical Java serurity update is available.なので、これをアップデートするかどうか検討してみた Javaのライセンスについて 新しいライセンスはJa...
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DeepVariantを利用してvariant call を実行する
DeepVariantを利用してvariantを検出する deepvariantの実行環境の取得 docker pullの実行 deepvariantのバージョンに対応するモデルのダウンロード ...
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galaxy local tool_shedを起動する
galaxy tool_shedをローカルで起動する galaxy-stable のイメージで local toolshed を起動する事ができる docker run -it -p 8080:...
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BEDファイルの領域に含まれるVariantを抽出する
bedファイルの領域を元にvcfのVariantを抽出 ポイント bedtools を利用する方法 出力をvcfファイルとして利用するにはheaderを後から付与する必要がある bcftools...
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変異のHGVS表記の変換(Python hgvs)
変異のHGVS表記の相互変換 Ensembl variant_recoderを利用する方法は、変換時間がそれなりに必要なので、今回はbiocommons/hgvs を利用して変異の記述の変換を行...
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