Clara Parabricks4.0を利用する その3

Clara Parabricks V4.0を利用する

Clara Parabricksのgermlineワークフロー

germline ワークフローは fastqをリファレンス配列にマッピングしてVariantを抽出するツール

Clara Parabricks4.0を利用する　その1　と　Clara Parabricks4.0を利用する　その2の処理を連続して実行するワークフロー

docker run \
    --gpus all \
    -u `id -u`:`id -g` \
    --rm \
    --volume ${PWD}/reference:/reference \
    --volume ${PWD}/variant:/variant \
    --volume ${PWD}/parabricks_sample/Data:/fastq \
    --volume ${PWD}/Parabricks4.0:/outputdir \
    --workdir /tmp \
    nvcr.io/nvidia/clara/clara-parabricks:4.0.0-1 \
    pbrun germline \
    --ref /reference/GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna \
    --in-fq /fastq/${SAMPLE}_1.fq.gz /fastq/${SAMPLE}_2.fq.gz \
    --knownSites /variant/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf.gz \
    --interval-file /reference/region.bed \
    --out-bam /outputdir/${SAMPLE}.bam \
    --out-variants ${SAMPLE}.vcf \
    --out-recal-file /outputdir/${SAMPLE}.BQSR-report.txt

パラメーターなどについては前回までのものと同じ

今回はここまで