M1 MacにDocker版OrthoFinderをインストールする
M1 Macの場合、デフォルトでdockerイメージに入っているdiamondがコケるので、手動でインストールし直します。 試験環境： MacBook Air チップ Apple M1 メモリ ...
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M1 Macにdocker版 fuannotateの環境を作る
菌類を初めとする真核生物の遺伝子予測を行うfunannotateをMacで行う場合には、dockerまたはconda環境で使用可能です。ここではdocker版をM1 Macにインストールする方法...
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サーバ間でのデータ転送をUGEで実行する
サーバAから遺伝研スパコンへ、UGEで大量にsftpでファイルを転送したい場合のジョブスクリプト（備忘録）。 $ cat transfer.sh #!/bin/sh #$ -cwd sshpas...
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遺伝研スパコンでANIを使う
Average Nucleotide Identity (ANI)をスパコンのクラスタ環境下で使う方法を記す。ANIの実装はいくつかがあるが、オリジナルのソースコードは古すぎて使えず、conda...
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遺伝研のスパコンでminiconda3のbaseとenvのパスがシステム側になってしまったときの修正法
遺伝研のスパコンでローカルにminiconda3をインストールして使っていたら、condaのbaseとenvのパスが、システムのパス(/opt/)になってしまったときの解決法。理由は、単にcon...
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遺伝研スパコン上でdoradoのbasecallingをしてみる
Nanoporeのbasecallerであるdoradoを使ってみる。 https://github.com/nanoporetech/dorado fast5ファイル形式の場合、pod5形式へ...
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PGDSpiderをコマンドラインで使用する
PGDSpiderは、集団遺伝学で使用するソフトウェアのファイル形式を変換してくれるソフトウェアである。スイス・ベルン大学の集団遺伝学者 Laurent Excoffierのラボの出身者のHei...
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