サーバ間でのデータ転送をUGEで実行する

サーバAから遺伝研スパコンへ、UGEで大量にsftpでファイルを転送したい場合のジョブスクリプト（備忘録）。

$ cat transfer.sh
#!/bin/sh
#$ -cwd

sshpass -p 'yourpassword' sftp　-oPort=xxxx -oCiphers=aes256-cbc -oBatchMode=no -b - [e-mail] << !
#   sftpのコマンドが使用できる
#   cd remote_directory_path
#   lcd local_directory_path
   mget *
   bye
!

sftpのオプション
[e-mail]: サーバAのアカウント名とアドレス
yourpassword: サーバAのパスワード
-oPort=xxxx: サーバAにポート指定がある場合
-oCiphers=aes256-cbc: サーバAに暗号化方式の指定がある場合

最後の!は、勝手にテキストエディタがスペースを補完することがあり、そのままだとエラーになるので注意する。例えばこのスクリプトを実行すると、

sshpass -p 'yourpassword' sftp -oPort=xxxx -oCiphers=aes256-cbc -oBatchMode=no -b - username@serveradress << !
#   cd remote_directory_path
#   lcd local_directory_path
   mget *
   bye
　　　　　!

以下のエラーが出る。

transfer.sh: line 10: warning: here-document at line 5 delimited by end-of-file (wanted `!')