.gitconfig にユーザー名とパスワードのエイリアスを登録する
githubにpushするたびにユーザー名とパスワードを入力するのは面倒です。 originのurlを以下のように登録することで入力を回避しましょう。 git remote set-url or...
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[メモ]: keybaseとgit/githubでgpg keyを共有する
作業の備忘録です。 1. gpgとkeybaseをインストール brew install gpg brew cask install keybase 作成済みのkeybase accountにロ...
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秘密分散DAO、もう一つのクリプト2.0
この文書はEthrereum Project共同創業者の一人 Vitalik Buterinによる Secret Sharing DAOs: The Other Crypto 2.0の和訳です。...
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翻訳: Proof of Workより「安い」方法は存在しない
この文章はHivemind(サイドチェーン上でPredition marketを作るプロジェクト)の創始者Paul Sztorcによるブログ記事の翻訳です。元の記事はこちら PoW原理主義者、ビ...
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Biopython を利用したNCBIのEntrez データベースへのアクセス
BioPython cookbook9章の翻訳です。 多少意訳したり冗長なところは省いたりしています。 過去にも翻訳を試みた方がいるようですが、放置されているようなので、改めて訳します。 誤字・...
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pythonとRによる遺伝子発現量データの自動取得
この記事は Blue Collar Bioinformatics; Automated retrieval of expression data with Python and Rの翻訳です。 ...
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pythonでjsonの型を動的に読み込む
pythonではjsonモジュールはパッケージ同梱ですが、yamlモジュールはサードパーティ製です。 現在作成しているプログラムでは、環境の違いを吸収するため もしyamlモジュールがあり、ya...
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pythonで巨大なファイルをソートする
subprocess.Popenの挙動の勉強になったので、忘れないようにメモ pythonで巨大なファイルを扱うときは、全てをメモリに載せないよう、イテレータを使っての逐次処理を非常に頻繁に行う...
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fastqファイルからランダムサンプリングする
色々方法はあると思いますがここではfastq-toolsを使用します。 インストール git clone https://github.com/dcjones/fastq-tools cd fa...
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fasta fileから特定の領域のみ抜き出す
samtoolsのfaidxを使用する samtools faidx <genome> # まずはindexを付ける samtools faidx <genome> &...
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[小ネタ]perlワンライナーにシェル変数を渡す
-sオプションを使います echo -e "hogehoge\nfugafuga" > myfile.txt var="hogehoge\n";cat myfile.txt | perl ...
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Jupyter notebookをリモートサーバで実行する
jupyter のインストール pyenv でanaconda環境に切り替えたのち pip install jupyter jupyter/notebookのインストール nodejsとnpmが...
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CloudBioLinuxを用いてローカルサーバにNGS解析環境を構築する
予備知識 CloudBioLinuxはAWS上で動くBioLinuxライクなイメージを提供しようというコンセプトのプロジェクト。1 だが、実際には所属機関の意向でクラウドは使えない場合も多いかと...
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