fastqファイルからランダムサンプリングする

色々方法はあると思いますがここではfastq-toolsを使用します。

インストール

git clone https://github.com/dcjones/fastq-tools
cd fastq-tools
sudo sh autogen.sh && sudo ./configure && sudo make install

実行

色々コマンドがありますが、ここではfastq-sampleを用います。
サンプル元ファイルはgzされていてもいなくてもかまいません
いったん解凍しなければならないようです。

sh
fastq-sample -p 0.1 path/to/my.fastq.gz -o splitted


fastq-sample -p 0.1 path/to/my.fastq -o splitted

カレントディレクトリにsplitted.fastqができます。

ここでは-pでサンプルする割合を指定しましたが、-nで数を指定することも可能です。
- -r ... 復元抽出する。デフォルトは非復元抽出