Atomic Simulation Environmentの使い方: エネルギー計算と構造最適化
Atomic Simulation Environment (ASE)とは 第一原理計算/量子化学計算を行うPythonのライブラリ https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/...
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CP2Kの使い方: インストール
CP2Kとは 原子・分子レベルでの第一原理計算ソフトウェア 密度汎関数理論(density functional theory: DFT)、Hatree-Fock、Moller-Presset摂...
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cp2kの使い方: メタダイナミクス
CP2Kによるメタダイナミクス メタダイナミクス(meta-dynamics)は、反応座標において人為的にエネルギーを加算することにより起こりにくい現象を起こりやすくする手法である これにより、...
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CP2Kの使い方: エネルギー計算
DFT法によりエネルギーを計算する ここでは、cp2kのコンパイルおよび実行の方法についてはできているものとする。これらは過去の記事を参照のこと ここでは、DFT(密度汎関数理論)によるエネルギ...
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CP2KによるMD計算
分子動力学(molecular dynamics: MD)とは MDは、原子や分子の動的挙動を時系列で解析する手法。シミュレーションにより、系の構造変化、反応経路、熱的性質などを詳細に解析できる...
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NWChemの使い方: 分子軌道のプロット
nwchemで分子軌道をプロットする方法 N2分子のHOMOをプロットする start n2 geometry n 0 0 0.53879155 n 0 0 -0.53879155 e...
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Atomic Simulation Environmentの使い方: 表面の作成
ASEによる表面モデルの作成方法 fcc111など、典型的な表面の作成 from ase.build import fcc111 surf = fcc111("Cu", size=[3,3,5]...
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Atomic Simulation Environmentの使い方: 状態密度の計算・解析
状態密度(DOS) DOSの種類 total DOS: 単にDOSというとこれ。全電子、s, p, dなどの角運動量成分を全て含む projected DOS: s, p, dなどの角運動量に分...
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Atomic Simulation Environmentの使い方: 振動解析, IR計算
振動解析(IR) ase.vibrationsのInfraredを使う from ase.io import read from ase.calculators.vasp import Vasp...
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Atomic Simulation Environmentの使い方: VASPでのDFT計算の詳細
ASEによるVASPの詳細設定 はじめに 以下は、ASEでVASPの設定を行いDFT計算を実行するためのメモ ase.calculators.vaspのVASPクラスの変数を通じて設定する 計算...
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