バイオインフォ用環境構築・ツールインストール
環境構築とは 環境構築とは、プログラムやツールを正しく動作させるために必要なソフトウェア、ライブラリ、依存関係などを整える作業のことを指す。特に研究・開発やデータ解析の分野では、使用するツールや...
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SRA Toolkit 導入
SRA Toolkitの導入および使用ガイド このガイドでは、SRA Toolkitの手動インストールからprefetchおよびfasterq-dumpを使用したデータのダウンロードおよび変換方...
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特定のSRA (Sequence Read Archive) IDを使用してFASTQ形式のHi-Cデータをダウンロードするスクリプト (失敗した場合に1分後にリトライ成功するまでループ)
この記事では、特定のSRA IDを使用してFASTQ形式のHi-Cデータをダウンロードするスクリプトの作成と実行方法について説明します。スクリプトは、失敗した場合1分後にリトライする機能を備えて...
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ターミナルセッション管理ツール `screen` の基本的使い方
ターミナルセッション管理ツール screen screen コマンドは、LinuxやUNIX系システムで複数のターミナルセッションを同時に管理できる強力なツールです。リモートサーバー上で長時間実...
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NGSデータのマッピングとデータ処理のための汎用スクリプト
NGSデータのマッピングとデータ処理のための汎用スクリプト 次世代シーケンシング（NGS）データの処理は、ゲノム解析の重要なステップです。ここでは、Minimap2とSAMtoolsを使用してN...
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コマンドのバックグラウンド実行とログ管理
サーバー上でのコマンド実行とログ管理 みなさん、サーバー上でバックグラウンドで実行するコマンドのログ管理や、何日の何時に何のコマンドを打ったかのログを取るのに困っていませんか？ 例えば、長時間実...
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主要Gitコマンド まとめ
Git コマンド解説 初期設定 git config Gitの設定を行う。ユーザー名やメールアドレスを設定する。 git config --global user.name "Your Name...
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