Juliaでデータサイエンス100本ノック（構造化データ加工編）
データサイエンティスト協会によるデータサイエンス100本ノック（構造化データ加工編）をJuliaで解きました。 はじめに わざわざ紹介するまでもありませんが、Juliaは書きやすくて実行が速いモ...
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(Matplotlibに不慣れな人向け) Seabornでグラフを描くときのtips
この記事では、ごくごく細かいtipsを紹介します。といいつつ大半はmatplotlibの使い方になってしまった面もありますが、matplotlibに触ったことがない人がSeabornをいきなり使...
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Featherフォーマットを使ってPython・R・Julia間で簡単にデータをやり取りする
Python、R、Juliaそれぞれの強みがあるので組み合わせて使いたい場面がしばしばあるかと思います。コードを直接呼び出す機能もありますが、データ解析の場面ではそこまで密に結合させなくても別々...
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JuliaならDataFrameでforループしても十分速い
うわっ…私のpandas、遅すぎ…?って時にやるべきこと（先人の知恵より） こちらに書かれている通り、pandasはたしかに遅い、特に使い方によっては極端に遅い。かといってforループを回避する...
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Univa Grid EngineからPBS Torqueに移行するときに工夫が必要なこと
まずはこちらを参照してください→ SGE用スクリプトファイルをPBS用に書き換える方法。本記事ではこちらで扱われていない内容を記します。 アレイジョブをqdelする PBSではアレイジョブは12...
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ゼロから触ってみるNextflow
この記事はバイオインフォマティクス Advent Calendar 2019の21日目の記事です。 なぜワークフローエンジン？ あれこれのツールや、自作のスクリプトがたくさんあって、それぞれてん...
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Seabornで相関をヒートマップにする（行・列を並び替えながら） / Heatmap using Seaborn (order rows and columns as you like)
やりたいこと / Purpose Seabornでヒートマップを描くとき、項目の並び順を自由にカスタマイズしたい。 You may want to order entries arbitrari...
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実行したコマンドを簡単に記録し、メモも付加する。/How to easily record commands you ran and add notes
作業のログを取りたいとき、以前書いたような方法で全部のコマンドを記録することができます。しかし色々とコマンドを試しながら作業を進める場合、全部のコマンドを記録するのは無駄で、作業の各ステップで最...
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SSHでつなぐサーバ上のデータをDropboxに直接バックアップする / Backup data from SSH server to Dropbox directly by using Dropbox Uploader
What's this? バックアップの重要性はいまさら言うことでもなく、私を含め多くの方がDropboxのようなクラウドサービスを使ってデータをバックアップしていることでしょう。PCの場合はそ...
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zshで実行したコマンドのログを残す
シェルをzshに移行したので、zshでのコマンドログの取り方をメモ。 How to save command logs on zsh. logging.zsh # !/bin/zsh expor...
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bashで入力履歴も出力履歴も保存する
bash上でさまざまな操作をして、後になってから何をしたかわからなくなったり、あるいはどんな数値を見たか忘れてしまったりしたときはありませんか？ そんなときのためのtipsです。自分が行った研究...
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