TCGA(GDC-DP)からの原始的なデータ取得(2023/2/22 追記)
#TCGAからの原始的なデータ取得 癌研究者にとっては一つのインフラとなった感のある、米国のデータベースTCGA(The Cancer Genome Atlas)。2016年6月にサイトの構造...
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CPUのスレッド数とメモリ容量の取得
仕事柄、Samtoolsなど、実行時のパラメーターとしてスレッド数を記載したりするシェルスクリプトを作成する場合があるので、備忘録として、ターミナル上でのこれら情報の取得の仕方を書いておく。 ...
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一つの表から情報を抽出したファイルを作り、要素を一つづつ読み込む (2019/4/8追記)
背景と目的 特定の数種類のファイルをサーバーからダウンロード、それを実験区の数だけ繰り返すというルーティンワークが業務の一環として存在する職に就いているのだが、どうやらこの業務に従事していたこれ...
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TCGAデータを用いた発現情報リストの作成
TCGAデータを用いた発現情報リストの作成 TCGAからの原始的なデータ取得の続きです。 行方向に遺伝子の発現情報、列方向に検体が並ぶ形の表を作ることを目標とします。 今回はTCGAのmelan...
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