エンジニアの時給の基準は何をもとに言われているのか？

これは全体の能力が身につくまでの時間も含めて計算するのと、直接委託を受けて関わっている時間だけ、つまり将棋で言えば公式対局の対局時間だけで計算するのでは数十倍違ってきますがどちらの意味で時給5000円と言われていることが多いのでしょうか？

直接委託を受けて関わっている時間だけです。

例えば、１週間（5人日）で見積もられた作業であれば
5,000円 × 8時間 × 5日＝200,000円
という感じになります。

またエンジニアは、全体のトータルの時間として評価されるべきでしょうか？

学習にかかった時間は評価されません。
学習に1時間しかかからなかった人と、1カ月かかった人
トータル時間が長い方が評価されるのであれば、1カ月かかった人になってしまいます。

能力も含めて「時給○○円」になると思います。
でなければビジネスとして魅力は無いでしょう。

ただし、単純な時間での計算にはならないと思います。
身につけるのに時間がかかった人のほうが価値が高い、となってしまいます。
また能力自体の希少性、市場価値なども加味する必要がありますし、
能力以外の実績や信頼なども含まれたりするでしょう。

おそらく「これが正解」というものはないと思います。
この金額や、そもそもの時給換算という点を含めてどう設定するかがビジネスなのではないでしょうか？

ちょうど参考になりそうな記事を見つけたので記載しておきます。

この時給という概念は何から来るものでしょうか？

個人の場合は「給料」という概念はないので、「時給」という言葉を使うのは変なのですが、事業収入のことを「自分の給料」みたいな感じで、表現されてるのかなと思います。

あくまで自分自身が提供するサービスの「売り値」のことですのでそれ以外の時間は含めません。

なので、学習に費やした時間や、契約に関する営業や面談、経理などの処理に費やした時間も、基本的には含まれません。

個人じゃなくて会社にしている場合は、給料は自分で決めるので、時給という考え自体がないと思います。

※もしかしたら、あるかもしれませんが、社長さんの給料を時給にしているというのは、少なくとも私は聞いたことありません