Lineのp2pシステムってどんなものなのですか？

未回答なので、一言

050電話のsipを発展させたudp通信ですね。

ブロックチェーンは更に発展させたものと理解して良いとおもいます。

韓国ではカカオトーク、日本は韓国の日本法人のlineが主流です。

毎回相手ユーザーをサーバーを経由した上で探している

仕様は非公開なので、これ以降は仮説です。

1. アプリ側のフレンドリーテーブルがサーバ側との通信の都度、差分更新され
2. フレンドが携帯事業者のp2p通信可能な状態なら、p2p通信し、
3. 不可能ならサーバ側に状態保存します
4. p2p通信不可能なフレンドはサーバ側へ接続と同時に自側のフレンドリーテーブルの差分を更新し、フレンドにp2p通信で既読を通知します。
5. また、友達の友達の輪に対してはアプリ側でネストしていると思われます。