位置合わせの余剰部分の除去方法

　今現在、plyフォーマット画像の位置合わせプログラムを書いています。

　位置合わせを行うことは広島大学の玉木先生の投稿（https://qiita.com/tttamaki/items/648422860869bbccc72d）
を参考にして書くことができました。

　しかし、二つの入力画像（CT画像と3Dスキャン画像）は同じものを撮影しているのに対し、得られてる画像が違うため、二つの画像を融合した際に余計な部分が生じてしまいます。この部分を除去するためにはどのような処理を行えばよろしいでしょうか？

　具体的には、CT画像は内面も撮影されていますが3Dスキャン画像には表面しか撮影されていません。そのため、融合した際に3Dスキャン画像の内部にCT画像が組み込まれますが、同時に3Dスキャン画像の外にCT画像のノイズがはみ出してしまいます。この3Dスキャン画像の外側にあるCT画像の点群を除去できるアイデアがあれば教えてください。

　具体的な画像を載せられないため文字での質問になってしまい申し訳ありません。