調べてみたところ以下のような記事がありました。
アールメカブ：Rの文字化け
ここに書かれている通り、Sys.setlocale(“LC_ALL”, ‘Japanese_Japan.932’)を使うとうまくいくかもと思います。ただ作業環境のロケールを変更してしまうので、他のところに問題が出る可能性もあります。

もしかしたら、読み込んでいるファイルの方のエンコードをSys.getlocale()で確認したロケールと合わせると解決するかもしれません。

文字コード関連はあまり詳しくないのであっているかわかりませんが、ご参考に慣れば幸いです。

#1. 全般的なお話
ご存じかもしれませんが、RでNLPを行う場合、①*.txt等の元文書、②形態素解析器・辞書、③Rの3つの文字コードの相性が鍵になります。基本的に各々は統一されていることが望ましく、どこかの文字コードが異なっている場合、文字化け等が発生する可能性が高まります。こうした文字コードの相性はOSの影響も受けますので、私はWindowsですから限定的なアドバイスしか出来ませんが、ご参考になれば幸いです。

2. トラブルシューティング

2.0. 確認

まず、そもそもR側できちんと元データを読み込めたり加工できているかを確認してみてください。とくに、データに日本語が含まれている場合、日本語が文字化けしているか否か確認してみてください。

# 全体的にデータに問題がないか俯瞰するために、head()は一応避けることを推奨します。
> NgramDF.result
> g

RMeCabC("すもももももももものうち")
> RMeCabC("すもももももももものうち")
[[1]]
    名詞 
"すもも" 

[[2]]
助詞 
"も" 

あくまで可能性の話ですが、大体はこんな感じだと思います。

2.1. 元文書の文字コードについて

基本的には、OSやRの文字コードはどうしようもないので、基本的には元文書や形態素解析器を適切に選択・加工することで対処できると考えられます。OSXであれば、内部的にはUnicodeで書かれているはずなので、基本的にこれらをUnicodeに統一すると考えられる要因を一つは潰せるはずです。

一番手っ取り早いのは、元文書の文字コードを変換することです。そこでお好きなツール（私はNotepad++を使用しています）で文字コードを手あたり次第に変換して試行錯誤してみてください。大抵はSHITF-JIS (ANSI), UTF-8, UTF-8 BOMBあたりで落ち着きます。

2.2. RStudio側の設定について

直接関与するかは不明ですが、Tool > Global Options > Code > Saving でテキストのエンコーディングを選択できますので、一応確認してみてください。恐らくデフォルトでなっていると思いますが、UTF-8にしておけば多分問題ありません。

2.3. フォントについて

あまり可能性は高いとは思いませんが、フォント自体を変更して解決する場合もあります。
質問者様が普段よく使う日本語フォントのファミリーを数種類取替ながら試してみてください。
須通り_統計_Rにおける作図時のフォント設定を極める

2.4. 形態素分析器・辞書自体の見直し

こちらの記事が参考になると思います。テキストデータ等を見直してダメなようでしたらご一考ください。
Mecabインストールで文字化けた場合の対処法 - Qiita

3. 追記

（続き）のコメント含め、私のほうでも適当なデータを用意して検証してみました。
私の場合、RStudio上のplotやPNG出力であれば上手く行きましたが、SVGで出力しようとすると確かに同様の現象が発生しました。
一方で、それとは別に、普通の回帰分析の結果等を日本語を交えて画像保存する分には何ら問題なかったので、恐らくですが{igraph}というパッケージ固有の問題であると考えました。

そこで{igraph}に当たりを付け、公式のヘルプを含め色々調べてみましたが、{igraph}のフォントはplot(..., font = "")で制御できるということばかり書いてあったので若干諦めかけていましたが、こちらのサイトの「5.1　プロットに関するパラメータ」にて、vertex.label.familyという引数の存在があることが判明したので、試しに引数を設定してみたところ、上記問題は解決しました。

ということで長々と書きましたが、結論だけサラッと書いてしまえば、以下の通り書き換えてみてください。

plot(g,
     vertex.label = V(g)$name,
     vertex.color="grey", 
     vertex.label.family="HiraKakuProN-W3")

これは推測ですが、恐らくパッケージ側でvertex.label.familyに規定値としてSerif等が設定されています。このような個別の設定は全体的なフォント指定であるfont引数に優先して適用されるため、いくらfamily="HiraKakuProN-W3"と設定してもパッケージ側の規定値に上書きされてしまうことが原因だったと考えられます。従って、一般論としては既にお試しになられたpar(family="HiraKakuProN-W3")等の方法が適切な解決法であるところ、今回は偶々特殊なケースだったということだと思います。

（続き）
@zakkiiii さん！アドバイス試してみましたが、
・確認したところ、①も②もコンソール上では文字化けはみられなかったので「フォントの設定等、R内部の問題に起因している可能性が高いと思われます。」になるのかなと思います。
・R studioのtoolsからUTF-8にするなどしましたが解決しません。。
・guess_encoding(tmp)で確認しましたが、下記のようになります（判断も対処もわかりませんが）

解決は難しいということなのでしょうか。。。

# A tibble: 4 x 2
  encoding  confidence
  <chr>          <dbl>
1 UTF-8           1   
2 Shift_JIS       0.51
3 Big5            0.41
4 GB18030         0.26