Workflow Advent Calendar 2019

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Airflow, Common Workflow Language,Jenkins, Nextflow ,Snakemake など
定型的な繰り返しの処理のようなワークフローを記述するようなシステムに関することについて。

記述方法や、運用の仕方、トラブルシュート、失敗談、ワークフロー自体のテストについてなど。

シェルからの移行方法や、逆に移行しない理由など

Category:

DevOps / Infrastructure

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Sun	Mon	Tue	Wed	Thu	Fri	Sat
1 antiplastics ワークフローは誰のためのものでは無いのか	2 antiplastics papermill × Jupyter Notebookでドキュメント化された解析ワークフローを作る	3 kozo2 Windows10のためのX Server X410を使おう	4 kozo2 Binder環境でxvfbを使う	5 manabuishiirb バイオインフォ（に限らないけど）の人が docker for Mac で、よくひっかかるところ	6 manabuishiirb なにかかく１	7 manabuishiirb なにかかく２
8 manabuishiirb なにかかく３	9 kozo2 BioconductorのAnnotationWorkflowを見てみよう	10 kozo2 PREFECTの紹介	11 manabuishiirb なにか書く２日目	12 manabuishiirb なにか書く３日目	13 manabuishiirb なにか書く４日目	14
15 manabuishiirb k8s とその他について自分たちがほしいものについて考えた記録、ほんとうにほしいものがk8sなのか	16 manabuishiirb なにか書く５日目	17 yuifu NextflowからCWLで書かれたワークフローを呼び出す	18 manabuishiirb なにかかく６日目	19 manabuishiirb なにか書く７日目	20 manabuishiirb なにか書く８日目	21 shuhoyo Cloud Composer(Airflow)でAutoMLを使った推論パイプラインを組んでみた
22 bioflowy 作成中のWorkflowEngineについて	23 manabuishiirb なにかかく９日目	24 kozo2 Pascal以降のGPU鯖でSingularityを使う	25 kozo2 arm64 v8鯖とSingularityでNVCRのJuliaコンテナを使う	26	27	28

12 / 1

ワークフローは誰のためのものでは無いのか

12 / 2

papermill × Jupyter Notebookでドキュメント化された解析ワークフローを作る

12 / 3

Windows10のためのX Server X410を使おう

12 / 4

Binder環境でxvfbを使う

12 / 5

バイオインフォ（に限らないけど）の人が docker for Mac で、よくひっかかるところ

12 / 6

なにかかく１

12 / 7

なにかかく２

12 / 8

なにかかく３

12 / 9

BioconductorのAnnotationWorkflowを見てみよう

12 / 10

PREFECTの紹介

12 / 11

なにか書く２日目

12 / 12

なにか書く３日目

12 / 13

なにか書く４日目

12 / 15

k8s とその他について自分たちがほしいものについて考えた記録、ほんとうにほしいものがk8sなのか

12 / 16

なにか書く５日目

12 / 17

NextflowからCWLで書かれたワークフローを呼び出す

12 / 18

なにかかく６日目

12 / 19

なにか書く７日目

12 / 20

なにか書く８日目

12 / 21

Cloud Composer(Airflow)でAutoMLを使った推論パイプラインを組んでみた

12 / 22

作成中のWorkflowEngineについて

12 / 23

なにかかく９日目

12 / 24

Pascal以降のGPU鯖でSingularityを使う

12 / 25

arm64 v8鯖とSingularityでNVCRのJuliaコンテナを使う