さくらサーバ　サブドメイン

サブドメインという言葉が、メインのドメインに対して、
別のドメインという意味で使用されていると思われる箇所がありました。
ドメインの前に「.」で区切ったものをサブドメインを呼ぶのかと思っていましたが、
ドメインという言葉はそういった使用方法もあるのでしょうか？

いいえ。そのような意味でサブドメインという用語は使われません。

そのように思われた具体的な箇所を教えていただけませんか。

さくらサーバにて取得したドメインを仮に 仮zakura.com とすると

ドメインは　仮zakura.com　となります。
www.仮zakura.com としてwebサーバーを公開した場合、wwwはホスト名と呼ばれます。www.sub.仮zakura.com のwebサーバーの場合、sub.仮zakura.comをサブドメインと呼ばれがちですが、www.subと云うホスト名として登録した場合はサブドメインではありません。

サブドメインとはDNSにてNSレコードにて権限を移譲して、SOAレコードに登録した名前空間をいいます。
説明が難しいので一般的には

ドメインの前に「.」で区切ったものをサブドメインを呼ぶ

にて説明されます。

apache,nginxではサブドメインを
ドメインの前に「.」で区切ったものとして扱われいるようです。

別のドメインという意味で使用されていると思われる箇所がありました。

その箇所を示して質問すれば相互に理解しやすいでしょう。
想像ですが、
https://help.sakura.ad.jp/domain/2148/

このあたりをみてそう思われた感じですかね？

さくらが保有しているドメインから選べる = 別ドメイン
と考えたのであれば、説明をよく読んでいただくとそれらのドメインをそのまま使うのではなく、「お好きな文字列を入力」と書かれています。つまり列挙されているドメインの、「サブドメイン」を利用できるということです。

何を見てそう感じたかが明示されていないので、こういうことではないかもしれませんが。