まるで質問なので、質問者殿がどのような意見なのかわからないのですが

TypstでもLatexやMS-wordのように原稿を組織がうけつけるようになるでしょうか？

Typstが、LatexやMS-wordのように地位が確立できれば可能性はあるかも知れませが、原稿を組織が受け付けるようになるかどうかは、組織がきめますので、組織にに聞いて見るのが良いかと。

最初はよくても、
最終的には、ソースコードがtypstなのをみて、「ナンジャタウン？」って
エディターにいわれて、手作業でLatexとかに変換することとなるでしょうか？

そうなるかも知れませんね。
心配されるのであれば、LatexやMS-wordのような一般的なツールでで作成するのが良いと思います。でなければ、変換すれば良いと考えます。