質問機能を初めて使ってみます。
現象の整理のためにも書いてみました。
何かお分かりになる方がいればお願いします。

環境

・リージョンは東京
・API GatewayでNLBへのVPCリンクを設定してデプロイ
・NLBはa,c,dのアベイラビリティゾーンを許可
・ターゲットグループにaとdのサブネットIDを持つインスタンスをそれぞれ設定

現象

API GatewayのURLを介してリクエストをアベイラビリティゾーンdに対して行なうと500 internal server errorとなる。
NLBのDNSを介したリクエストはエラーとならない。
アベイラビリティゾーンaとcはリクエストエラーとならない。

構成