環境

Ubuntu 14.04(LTS)
Atom 1.34.0
Python 3.6.8 (Anaconda3-5.3.1)

Atomのインストール

公式サイトからdebファイルをダウンロード
https://atom.io/download/deb
(最新版は1.34.0)
ダウンロードしたディレクトリへ移動してインストール

sudo dpkg -i atom-amd64.deb

Hydrogenのインストール

HydrogenとはAtomのパッケージの1つで、Atom上でJupyter Notebook的なことを実現するものです。

Atomを起動しSettingsを開く
Installから Hydrogen を検索しInstall

おすすめのパッケージの1番上に出てますね。
（日本語化してありますが、 japanese-menu をインストールするとをインストールするとできます。）

Hydrogenの設定

通常であればインストールすると使えるようになるそうですが、
私の環境では動かなかったのでその対応を記します。

１. Jupyter Notebookにpython3 Kernelを追加

python3 -m ipykernel install --user

２. Atomにkernelspecを登録
ターミナル上で

jupyter kernelspec list --json

出てきた結果をコピー
ちなみにこんな出力がきます

{
  "kernelspecs": {
    "python3": {
      "resource_dir": "/home/USERNAME/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/share/jupyter/kernels/python3",
      "spec": {
        "argv": [
          "/home/USERNAME/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/bin/python",
          "-m",
          "ipykernel_launcher",
          "-f",
          "{connection_file}"
        ],
        "env": {},
        "display_name": "Python 3",
        "language": "python",
        "interrupt_mode": "signal",
        "metadata": {}
      }
    }
  }
}

Atomを 開発モード で起動します（重要）

atom . --dev

設定を開き、Hydrogenの設定を開きます
下の方にある Startup Code のところに先ほどコピーしたものを貼り付けます（開発モードでAtomを開かないと出てこない）
ちなみに、他のサイトではkernel Specに貼り付けるとあったが、存在しなかった
これでkernelspecを指定できました

３. Atomを再起動