Atomはcmd + shift + fでプロジェクト内検索（Find in Project）ができるのですが、たまに古いパッケージが原因で検索できないことがあるのでその対処法をメモしておきます。
自分のエラー原因
自分の場合、default-encodingというパッケージが原因でした。
プロジェクト内検索をした段階で、cmd + shift + iでデベロッパーツールを開き、consoleで警告が出ているのを参考に対処しました。
今はauto-encodingを使っています。
https://github.com/russlescai/atom-default-encoding/issues/2 あたりが原因かな、と思うのですが正直詳しいところはわかりません。
今はとりあえず原因がわかり、対処できてほっとしています