添付ファイルをどのように扱うかはその文書作成システム固有の事情であり、 Java に何か一般的な添付ファイル処理ライブラリがあるわけではありません。システムが分からなければ回答はできないと思います。
現象から分かることだけ言いますと、 DB に重複登録がないのであればまず間違いなく表示だけの問題でしょう。すぐに思いつく可能性としては
- システムからブラウザに返すレスポンス内で添付ファイルを表すデータが重複あるいは欠落している
- (ブラウザ上で JavaScript がシステムからのデータを受け取って表示している場合) JavaScript の処理で添付ファイルの表示を間違えている
が考えられます。レスポンスに正しいデータが含まれているかログを出すところから始めてはいかがでしょうか。