前提

シェルからsshでawsには接続できているとします。
わからない方はこちら↓
AWS EC2でWebサーバーを構築してみる
atomにはproject-managerのパッケージを入れてあります。

手順

①atomにRemote-FTPパッケージをインストール
②.ftpconfig設定
③接続

プロジェクトごとに.ftpconfigを設定したい↓
【Atom】プロジェクトごとに FTP 設定をする方法
主にこれ
ec2のファイルをAtomを使ってリモート編集する

①Remote-FTPのインストールはそのままの意味です。atomのpreferenceからインストールします。
②作業ディレクトリを作成して、プロジェクトに使用するとします。
Packages>Project manager>Edit projects

[
  {
    title: "PJ1"
    paths: [
      "/Users/user/project1"
    ]
  }
]

project-manager(Ctrl+Command+P)でプロジェクトを選択できます。便利です。

③.ftpconfigの作成
Packages>Remote-FTP>create SFTP config fileで設定します。この時のディレクトリに.ftpconfigファイルが作られるので、②のプロジェクト選択で移動しておきましょう。

.ftpconfig

{
    "protocol": "sftp",
    "host": "AWSのパブリックDNS",
    "port": 22,
    "user": "ec2-user",
    "pass": "pass",
    "promptForPass": false,
    "remote": "/home/ec2-user",
    "local": "",
    "agent": "",
    "privatekey": "/Users/user/.ssh/Amazon_Linux.pem",
    "passphrase": "",
    "hosthash": "",
    "ignorehost": true,
    "connTimeout": 10000,
    "keepalive": 10000,
    "keyboardInteractive": false,
    "keyboardInteractiveForPass": false
}

わからないところがあったら、AWSのEC2Managementを見れば書いてあります。

Connectで接続完了。Atomでファイルが編集できるようになりました。