久々にheroku上にいるhubotをデプロイしたら
botが動かなくなってしまったので色々調べてたら
slack <-> hubot 連携がバージョンアップしてたらしい。
そしてプライベートチャンネルでも普通にhubotが動くようになってた。

さらに、世に出ているSlackとHubotの設定記事 のようなものも
古いバージョンの設定が多いので
最新版という位置づけでここにメモしておく。
（2015/4/15時点）

手順まとめ

Slack上の Hubot Integration を作り直す

ここからHubotインテグレーションの新規追加を行います（新バージョン用のフォームになっています）。
ちなみに、ここで入力する Customize Name がbotnameになるようです。

以下、基本的には hubot-slackのREADMEに載っている手順です。

以下のコマンドでpackage.jsonを作り直します。
既にpackage.jsonにhubot-slackが記述されている場合、
最新版に置き換えたいので行を削除してから実行しましょう。

npm install hubot-slack --save

まず、旧バージョンを利用していた場合のみですが
古い環境変数(HUBOT_SLACK_*)を削除しておきます。

heroku config:unset HUBOT_SLACK_TOKEN
heroku config:unset HUBOT_SLACK_TEAM
heroku config:unset HUBOT_SLACK_BOTNAME

その後、新バージョンの画面で表示されている HUBOT_SLACK_TOKEN を再登録します。
新バージョンでは HUBOT_SLACK_TOKEN のみ設定すれば良いようです。

heroku config:set HUBOT_SLACK_TOKEN=xxxxxxxxxxxxx

package.jsonを更新しているのでデプロイします。

git push heroku master

アップグレード手順は以上です。
問題なく動作しているようであれば、
Slack上に残っている古いhubot設定を削除してしまいましょう。

前バージョンでは勝手にhubotインテグレーションが始まりましたが、
新バージョンでは hubotユーザをinviteする方式 に変更されているようです。
この変更により、プライベートチャンネルでもhubotが動くようになっています。