~/.ssh以下のファイルを書き換えてしまった為に、Cloud9がバーストしてアクセスできなくなってしまった。
エラー文は下記の通り。

This is taking longer than expected. The delay may be caused by high CPU usage in your environment, or your T2 or T3 instance is running out of burstable CPU capacity credits, or there are VPC configuration issues. Please check documentation.
これには予想以上に時間がかかっています。遅延の原因としては、環境内の CPU 使用率が高いか、T2 または T3 インスタンスでバースト可能な CPU 容量クレジットが不足しているか、VPC 構成に問題があることが考えられます。ドキュメントを確認してください。

何時間待っても
インスタンスタイプを変更しても、開くことは出来なかった。
その時の解決方法を備忘録として残しておく。
（結論から言うと、そのCloud9はもう二度とアクセス出来ない）

参考にした記事など
https://qiita.com/ataru_mix/items/757dadc453a8d399b470

解決手順

AMIイメージの作成
作成したAMIからEC2インスタンスを作成（この時にキーペアを新規か既存かを選ぶ）
Cloud9作成時にssh接続で作成を選択する
２で作成した作成したキーペアを元にEC2にgitbashなどでSSH接続し、.ssh以下にあるauthorized_keyの中身に今回出てきたキーペアを追記する

参考↓
https://qiita.com/rockhopper-penguin/items/d5042b71230eb94955d0

要は開発の中身のデータが消えてしまったら困るので、どうしてもCloud9を復活させたかったわけ。