UnityのAssets内フォルダ構成について

以下の様なルールで配置していくといいと思います。

フォルダ名	用途
Scenes	ゲームのシーンを置く
Prefabs	ゲーム内で繰り返し使用するObject（Prefab）を置く
Scripts	ゲーム内で使うスクリプト（.csや.js）を置く
Animations	ゲーム内で使うアニメーションを置く
Materials	ゲーム内のObjectに設定するマテリアルデータ（色とか光沢とか）を置く
Physics Materials	ゲーム内の物理エンジンで使用するPhysics Materialsを置く
Fonts	ゲーム内のフォントデータを置く
Textures	画像ファイルを置く
Audio	ゲーム内のBGMやSEなどのサウンドデータを置く
Resources	（特殊フォルダ）Resources.Loadで読み込むファイルを置く
Editor	（特殊フォルダ）Unityのエディタ拡張のためのスクリプトを置く
Plugins	（特殊フォルダ）ネイティブプラグインやその他プラグインを置く

便利スクリプト

Asset以下で以下エントリで説明しているスクリプトを実行するとディレクトリを一気に作ってくれるので楽です。