UnityのAssets内フォルダ構成について
以下の様なルールで配置していくといいと思います。
| フォルダ名 | 用途 |
|---|---|
| Scenes | ゲームのシーンを置く |
| Prefabs | ゲーム内で繰り返し使用するObject（Prefab）を置く |
| Scripts | ゲーム内で使うスクリプト（.csや.js）を置く |
| Animations | ゲーム内で使うアニメーションを置く |
| Materials | ゲーム内のObjectに設定するマテリアルデータ（色とか光沢とか）を置く |
| Physics Materials | ゲーム内の物理エンジンで使用するPhysics Materialsを置く |
| Fonts | ゲーム内のフォントデータを置く |
| Textures | 画像ファイルを置く |
| Audio | ゲーム内のBGMやSEなどのサウンドデータを置く |
| Resources | （特殊フォルダ）Resources.Loadで読み込むファイルを置く |
| Editor | （特殊フォルダ）Unityのエディタ拡張のためのスクリプトを置く |
| Plugins | （特殊フォルダ）ネイティブプラグインやその他プラグインを置く |
（参考）特殊なフォルダ名
http://docs.unity3d.com/ja/current/Manual/SpecialFolders.html
便利スクリプト
Asset以下で以下エントリで説明しているスクリプトを実行するとディレクトリを一気に作ってくれるので楽です。