前回の記事でOTUのカウントデータの取得方法を書いたが、多様性解析など以外の多くの場合、その系統をもとにデータを議論することになると思う。
というわけで、今回はQIIME2を使ってOTUとその系統の対応表を得る方法について書く。
と言っても、一度でもQIIME2を触ったことがある人にとっては正直全然難しくない。
個人的には今後、系統名を用いて色んな解析を投稿する際にこの記事を引用するために書いた。
公式のチュートリアルに従って、QIIME2上でtaxonomy.qzvを開く(ブラウザで表示)。
QIIME2
qiime tools view taxonomy.qzv
今回は簡単に説明するために、このリンクからサンプルデータのtaxonomy.qzvをブラウザ表示したところに飛べるようにしておく。
1列目がOTUのID、2列目が系統名、3列目が信頼度(詳しくはこちら)。
左上の"Download metadata TSV file"を押し、対応表を.tsv(テキストファイル)としてダウンロードする。