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QIIME2を使ってOTU(微生物)のカウントデータをテキストファイルで得る

Last updated at Posted at 2020-07-29

微生物解析パイプライン「QIIME2」を使った解析で、公式のチュートリアルでは、fastqファイルから門や属レベルのカウントデータは得ることができるが、OTUのカウントデータの取得方法が載っていない。

しかし近年はOTUレベルでの解析も盛んに行われており、必要だと思うので、調べてみた。

【利用ソフト(OS)】
VirtualBox
QIIME2 2019.10 (VirtualBox用のもの) 詳しくは→Installing QIIME2

(Dockerが流行ってるので今後はVirtalBoxからDockerにシフトする可能性はある。。。)

##サンプルデータの取得
前提条件として、公式のチュートリアルに従って、table.qzaは持っているものとします。

サンプルデータは以下のリンクから取得してください。
download table.qza

##OTUデータのエクスポート
.biomという形式のファイルに出力します。"feature-table.biom"というファイルが同じディレクトリに生成されます。

QIIME2
qiime tools export --input-path table.qza --output-path ./

##テキストファイルへの変換
biomファイルのままでは普通の解析(OTUの名前とカウントが載ったテーブルを用いた解析)ができないので、biomをtsvファイル(.txtのようなテキストファイル)に変換

QIIME2
biom convert -i feature-table.biom -o feature-table.tsv --to-tsv

参考にさせていただいたサイト(英語)

これで、以下のようなテキストファイルが得られます。

image.png

1列目がOTU名(ID)、2行目がサンプル名ですね。
データフレーム処理をするのに1行目は邪魔だと思うので、ここは手動で消しちゃってもいいと思います。

今後はこれを用いた解析のやり方をどんどん上げていきます。

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