QIIME2を使ってOTU（微生物）のカウントデータをテキストファイルで得る

微生物解析パイプライン「QIIME2」を使った解析で、公式のチュートリアルでは、fastqファイルから門や属レベルのカウントデータは得ることができるが、OTUのカウントデータの取得方法が載っていない。

しかし近年はOTUレベルでの解析も盛んに行われており、必要だと思うので、調べてみた。

【利用ソフト（OS）】
VirtualBox
QIIME2 2019.10 (VirtualBox用のもの)　詳しくは→Installing QIIME2

（Dockerが流行ってるので今後はVirtalBoxからDockerにシフトする可能性はある。。。）

サンプルデータの取得

前提条件として、公式のチュートリアルに従って、table.qzaは持っているものとします。

サンプルデータは以下のリンクから取得してください。
download table.qza

OTUデータのエクスポート

.biomという形式のファイルに出力します。"feature-table.biom"というファイルが同じディレクトリに生成されます。

QIIME2

qiime tools export --input-path table.qza --output-path ./

テキストファイルへの変換

biomファイルのままでは普通の解析（OTUの名前とカウントが載ったテーブルを用いた解析）ができないので、biomをtsvファイル（.txtのようなテキストファイル）に変換

QIIME2

biom convert -i feature-table.biom -o feature-table.tsv --to-tsv

参考にさせていただいたサイト（英語）

これで、以下のようなテキストファイルが得られます。

1列目がOTU名（ID）、2行目がサンプル名ですね。
データフレーム処理をするのに1行目は邪魔だと思うので、ここは手動で消しちゃってもいいと思います。

今後はこれを用いた解析のやり方をどんどん上げていきます。