はじめてのwdl

wdlはGATKが採用しているworkflow
inputはJSON
5つのコンポーネントから形成されている。
- workflow, task, call, command and output

1.コアコンポーネントの基本構造

minimal WDL scriptの例

top level compornent

workflow myWorkflowName {
    call task_A
    call task_B
}
task task_A { .... }
task task_B { .... }

topレベルでは、タスクを組み合わせ呼び出すワークフローを定義します。
ワークフローの中でタスクを呼び出しますが、ワークフローのブロックの外で、タスクを定義しておきます。
ワークフローを先に書くか、タスクの定義を先に行うかは自由です。

Core task-level components

task task_A {
    command { ... }
    output { ... }
}

タスクの中では、シェルで実行するコマンドなどのコアコンポーネントを記載します。また、outputは、出力を担うコマンドを記載します。　　

2. 変数の加え方

ここでの変数とは、実際のファイル名やパラメータ値を除く、スクリプト上に記載する変数のことです。以下の代入方法を利用することで、内部のスクリプトを書き換えることなく必要なくワークフローを実行することができます。この変数代入は、タスクレベルとワークフローレベルの２種類があります。

task-level variable

task task_A {
    File ref
    File in
    String id

    command {
    do_stuff R=${ref} I=${in} O=${id}.ext
    }
    output {
    File out="${id}.ext"
    }
}

workflow myWorkflowName {
    File my_ref
    File my_input
    String name

    call task_A {
        input: ref= my_ref, in= my_input, $id= name
    }
    call task_B {
        input: ref= my_ref, in= task_A.out
    }
}
task task_A { .... }
task task_B { .... }

自作workflowのValidation

自作workflowのバリデーション用にツールがついています。

java -jar wdltool.jar validate myWorkflow.wdl

input fileの生成

input fileをカスタマイズする場合は以下のような形でjsonを生成します。

java -jar wdltool.jar inputs myWorkflow.wdl > myWorkflow_inputs.json

WDL workflowの書き方について