はじめてのwdl

wdlはGATKが採用しているworkflow
inputはJSON
5つのコンポーネントから形成されている。
- workflow, task, call, command and output

1.コアコンポーネントの基本構造

minimal WDL scriptの例

top level compornent

workflow myWorkflowName {
	call task_A
	call task_B
}
task task_A { .... }
task task_B { .... }

topレベルでは、タスクを組み合わせ呼び出すワークフローを定義します。
ワークフローの中でタスクを呼び出しますが、ワークフローのブロックの外で、タスクを定義しておきます。
ワークフローを先に書くか、タスクの定義を先に行うかは自由です。

Core task-level components

task task_A {
	command { ... }
	output { ... }
}

タスクの中では、シェルで実行するコマンドなどのコアコンポーネントを記載します。また、outputは、出力を担うコマンドを記載します。　　

2. 変数の加え方

ここでの変数とは、実際のファイル名やパラメータ値を除く、スクリプト上に記載する変数のことです。以下の代入方法を利用することで、内部のスクリプトを書き換えることなく必要なくワークフローを実行することができます。この変数代入は、タスクレベルとワークフローレベルの２種類があります。

task-level variable

task task_A {
	File ref
	File in
	String id
	
	command {
	do_stuff R=${ref} I=${in} O=${id}.ext
	}
	output {
	File out="${id}.ext"
	}
}

workflow myWorkflowName {
	File my_ref
	File my_input
	String name
	
	call task_A {
		input: ref= my_ref, in= my_input, $id= name
	}
	call task_B {
		input: ref= my_ref, in= task_A.out
	}
}
task task_A { .... }
task task_B { .... }

自作workflowのValidation

自作workflowのバリデーション用にツールがついています。

java -jar wdltool.jar validate myWorkflow.wdl

input fileの生成

input fileをカスタマイズする場合は以下のような形でjsonを生成します。

java -jar wdltool.jar inputs myWorkflow.wdl > myWorkflow_inputs.json