Gitで管理するものについて

1.参考書やYoutube、Udemyなどで勉強した際のソースコードは何で管理していますか？
GitのPrivateリポジトリで管理した方がいいですか？

後から見直したりするのに便利ですし、
「草が生えている様子」を見ることでモチベーションも上がるので
GitHubのPrivateリポジトリで管理するのは良いと思います。

あとは、もし「過去の自分が行った設定を持って来たい」などがあれば(エディターなど)
モノによってはcurlコマンドで持ってきたりできます。

2.Gitで管理しているものについて教えてください。

各種言語の参考書を読みながら自分で書いたコードや
サンプル問題を解いた時のコードなどです。
(公開はできないので自分のQiitaアカウントに紐付いているGitHubにはありませんが…)

3.Webサイトを管理する場合、コミットのタイミングするタイミングとか教えて欲しいです。

タイミングは自由かと思いますが、
自分が「先輩から教わり合点がいった」事をお伝えすると
「区切りが付くと判断できる限りの最小単位」でコミットした方が楽です。
例えば「このライブラリを入れた」、
「この設定ファイルを書き換えた」などでしょうか。

ある特定の機能を実装しようとした時に
「機能の実装が全部終わって」からコミットするより
「機能に必要なパーツができたら」コミットするイメージでも良いと思います。

その方が「1コミットに情報が増えないからログが見易くなる」
「コミット後にミスが発覚しても修正が容易(範囲が狭いから)」
というメリットがあると思います。

人によって意見は分かれるかと思いますが、
何か参考になれば幸いです。