SPSS Modelerの自動クラスタリングノードではどうやってクラスタ数が決まりますか？

それぞれのアルゴリズムのクラスタ数決定方法に依存します。

「エキスパート」タブの「モデルパラメータ」で確認できます。
例えば「K-means」であれば、

以下のように「５」になっていますが、「指定...」することによって変えることができます。