はじめに
レビュー論文を 1 本見つけたとき、「この paper が引いている文献も全部手元に欲しい」と思うことが頻繁にあります。1 本ずつ DOI をコピペして取るのは現実的でなく、Connected Papers のようなビジュアル系サービスは PDF を実際にダウンロードしてくれません。
BiblioFetch.jl には citation graph 自動展開 があります。seed 論文の DOI を 1 つ与えると、引用文献を Crossref と Semantic Scholar から取得し、それぞれの PDF も同じバッチで回収して、subgraph を git 管理可能な形で残します。
どう動くか
1 hop 展開の流れ：
[seed paper]
↓ Crossref で reference list 取得
↓ Semantic Scholar で reference list を補完
[seed の引用文献 N 本]
↓ 各 DOI を fetch_paper! で並列 fetch
[N 本の PDF + メタデータ]
↓ referenced_by フィールドで親子関係を記録
[citation subgraph]
各ステップで取れた DOI / arXiv id は store の .metadata/<safekey>.toml に referenced_dois と referenced_by として残るので、後から再構築可能です。
実例：Schollwöck の MPS/DMRG レビュー
examples/citation-graph-job.toml：
[folder]
target = "graph_papers"
[fetch]
sources = ["unpaywall", "arxiv", "s2", "direct"]
[graph]
follow_references = true
max_depth = 1
max_refs_per_paper = 20
[doi]
list = [
"10.1016/j.aop.2010.09.012", # Schollwöck 2011 MPS review
]
走らせる：
$ bibliofetch run examples/citation-graph-job.toml
実行ログ：
✓ 10.1016/j.aop.2010.09.012 [unpaywall] → graph_papers/...
expand depth=1 new_refs=20 from_parents=1
✓ 10.1103/physrevlett.69.2863 [arxiv] → graph_papers/...
✓ 10.1103/physrevb.48.10345 [unpaywall] → ...
...
max_refs_per_paper = 20 で fan-out を制限しています。レビュー論文は 200+ 引用が普通なので、無制限にすると爆発します。
subgraph の可視化
走り終わったら mermaid または DOT で出力：
$ bibliofetch graph --format mermaid --out graph.mmd graph_papers
mermaid 出力例（一部）：
DOT 形式なら Graphviz でレンダリング：
$ bibliofetch graph --format dot --out graph.dot graph_papers
$ dot -Tpng graph.dot -o graph.png
Semantic Scholar が citation graph を補強する理由
sources = [..., "s2", ...] を入れている理由は Crossref に reference list が無い場合の補完です。具体的には：
- arXiv-only な preprint — Crossref に登録されていないので reference list も取れない
- 古い論文 — Crossref の reference deposit が普及前
- 一部の小規模出版社 — reference list を Crossref に送っていない
これらを Semantic Scholar の API でカバーすると、subgraph の edge density が体感で 1.5–2 倍になります。
max_depth の使い分け
| max_depth | 規模 | 用途 |
|---|---|---|
1 (default) |
seed + 直接引用 | レビュー論文の周辺把握 |
2 |
seed + 引用 + 引用の引用 | 分野全体の見渡し（数百本） |
3+ |
指数爆発 | 通常は不要 |
max_depth = 2 で max_refs_per_paper = 20 を組むと、20 + 20×20 = 420 本程度。これくらいが論文 1 本書く準備の上限です。
集めた後の活用
# BibTeX 出力（FirstAuthorYear 形式の citekey）
$ bibliofetch bib graph_papers
wrote 21 entries → graph_papers/graph_papers.bib
# 集めた中で「entanglement」を含む論文を grep
$ bibliofetch search graph_papers entanglement
# 重複検出（同じ paper が異なる DOI alias で入った場合）
$ bibliofetch dedup graph_papers
注意点
-
rate limit：Crossref / Unpaywall は polite pool でも秒数本程度。Semantic Scholar は API key 無しで 1 req/s。
parallel = 4程度から先は逆効果 -
ネットワーク fluctuation：fetch に失敗したものは
status = "pending"で残るので、bibliofetch syncで後から retry できる -
fan-out 暴発：
max_refs_per_paperは強制しているが、max_depth = 2以上は事前見積もりを
まとめ
BiblioFetch.jl の citation graph 機能は、「1 本のレビューから周辺文献を取り尽くす」研究 workflow を 1 ファイルの TOML に凝縮します。Crossref + S2 のハイブリッドで edge を稠密にし、subgraph は mermaid / DOT で見える化、BibTeX も同時に出力。git 管理可能な subgraph リポジトリを 1 コマンドで作る感覚です。
関連記事：
- BiblioFetch.jl の総合紹介（Quick start とパッケージ概要）
- BiblioFetch.jl の strict mode + TDM（preprint と publisher PDF の区別）
- BiblioFetch.jl の vault と job.toml（文献コレクションの git 管理）
GitHub: sotashimozono/BiblioFetch.jl
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