はじめに

レビュー論文を 1 本見つけたとき、「この paper が引いている文献も全部手元に欲しい」と思うことが頻繁にあります。1 本ずつ DOI をコピペして取るのは現実的でなく、Connected Papers のようなビジュアル系サービスは PDF を実際にダウンロードしてくれません。

BiblioFetch.jl には citation graph 自動展開 があります。seed 論文の DOI を 1 つ与えると、引用文献を Crossref と Semantic Scholar から取得し、それぞれの PDF も同じバッチで回収して、subgraph を git 管理可能な形で残します。

どう動くか

1 hop 展開の流れ：

[seed paper]
    ↓ Crossref で reference list 取得
    ↓ Semantic Scholar で reference list を補完
[seed の引用文献 N 本]
    ↓ 各 DOI を fetch_paper! で並列 fetch
[N 本の PDF + メタデータ]
    ↓ referenced_by フィールドで親子関係を記録
[citation subgraph]

各ステップで取れた DOI / arXiv id は store の .metadata/<safekey>.toml に referenced_dois と referenced_by として残るので、後から再構築可能です。

実例：Schollwöck の MPS/DMRG レビュー

examples/citation-graph-job.toml：

[folder]
target = "graph_papers"

[fetch]
sources = ["unpaywall", "arxiv", "s2", "direct"]

[graph]
follow_references = true
max_depth = 1
max_refs_per_paper = 20

[doi]
list = [
    "10.1016/j.aop.2010.09.012",       # Schollwöck 2011 MPS review
]

走らせる：

$ bibliofetch run examples/citation-graph-job.toml

実行ログ：

✓ 10.1016/j.aop.2010.09.012  [unpaywall]  → graph_papers/...
expand  depth=1  new_refs=20  from_parents=1
✓ 10.1103/physrevlett.69.2863  [arxiv]    → graph_papers/...
✓ 10.1103/physrevb.48.10345    [unpaywall]  → ...
...

max_refs_per_paper = 20 で fan-out を制限しています。レビュー論文は 200+ 引用が普通なので、無制限にすると爆発します。

subgraph の可視化

走り終わったら mermaid または DOT で出力：

$ bibliofetch graph --format mermaid --out graph.mmd graph_papers

mermaid 出力例（一部）：

DOT 形式なら Graphviz でレンダリング：

$ bibliofetch graph --format dot --out graph.dot graph_papers
$ dot -Tpng graph.dot -o graph.png

Semantic Scholar が citation graph を補強する理由

sources = [..., "s2", ...] を入れている理由は Crossref に reference list が無い場合の補完です。具体的には：

arXiv-only な preprint — Crossref に登録されていないので reference list も取れない
古い論文 — Crossref の reference deposit が普及前
一部の小規模出版社 — reference list を Crossref に送っていない

これらを Semantic Scholar の API でカバーすると、subgraph の edge density が体感で 1.5–2 倍になります。

max_depth の使い分け

max_depth	規模	用途
`1` (default)	seed + 直接引用	レビュー論文の周辺把握
`2`	seed + 引用 + 引用の引用	分野全体の見渡し（数百本）
`3+`	指数爆発	通常は不要

max_depth = 2 で max_refs_per_paper = 20 を組むと、20 + 20×20 = 420 本程度。これくらいが論文 1 本書く準備の上限です。

集めた後の活用

# BibTeX 出力（FirstAuthorYear 形式の citekey）
$ bibliofetch bib graph_papers
wrote 21 entries → graph_papers/graph_papers.bib

# 集めた中で「entanglement」を含む論文を grep
$ bibliofetch search graph_papers entanglement

# 重複検出（同じ paper が異なる DOI alias で入った場合）
$ bibliofetch dedup graph_papers

注意点

rate limit：Crossref / Unpaywall は polite pool でも秒数本程度。Semantic Scholar は API key 無しで 1 req/s。parallel = 4 程度から先は逆効果
ネットワーク fluctuation：fetch に失敗したものは status = "pending" で残るので、bibliofetch sync で後から retry できる
fan-out 暴発：max_refs_per_paper は強制しているが、max_depth = 2 以上は事前見積もりを

まとめ

BiblioFetch.jl の citation graph 機能は、「1 本のレビューから周辺文献を取り尽くす」研究 workflow を 1 ファイルの TOML に凝縮します。Crossref + S2 のハイブリッドで edge を稠密にし、subgraph は mermaid / DOT で見える化、BibTeX も同時に出力。git 管理可能な subgraph リポジトリを 1 コマンドで作る感覚です。

関連記事：

BiblioFetch.jl の総合紹介（Quick start とパッケージ概要）
BiblioFetch.jl の strict mode + TDM（preprint と publisher PDF の区別）
BiblioFetch.jl の vault と job.toml（文献コレクションの git 管理）

GitHub: sotashimozono/BiblioFetch.jl

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