概要

user名が変更になり、ホームディレクトリの名前が変更されると、pyenvが動かなくなることがあります。これは、pyenvの環境にあるライブラリが参照しているpythonのパスが通常ホームディレクトリ内にあるのですが、通らなくなることによります。以下の方法で解消可能です。pyenv-virtualenvでも対応は同様です。
環境： Ubuntu 16.04

手順

# 環境名取得
$ pyenv versions
 
$ vi ~/.pyenv/versions/環境名/bin/pip

一行目は以下のようになっていると思います。

#!/home/旧user名/.pyenv/versions/環境名/bin/python3.*

これはインタプリタ言語において、読み込むインタプリタを指定するいわゆるシバンというものです。IDが古いままですので、新しいものに変更します。

#!/home/新user名/.pyenv/versions/環境名/bin/python3.*

これでpipが動くようになりました。あとは、他のライブラリも再インストールすれば一律変更できます。

$ pip freeze > requirements.txt
$ pip install -r requirements.txt