LAMMPS入門の手引き 3:データの保存と制御文
今回は、LAMMPSのデータの入出力と制御文について紹介します。 シミュレーション結果の保存とリスタート LAMMPSはwrite_restartコマンドで現在の状態を保存することができます。こ...
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LAMMPS入門の手引き 0:環境の設定
分子動力学ソフトウェア LAMMPS LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)は、科学技術計算ソフトウ...
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Atomeyeをビルドする
Atomeyeとは 分子動力学(Molecular Dynamics, MD)シミュレーションを行った際の出力として、しばしば、原子の配置をそのまま可視化したいということがあります。 Atome...
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C++でうっかり無限ループを書くと鼻から悪魔が出てくる
C++で副作用のない無限ループを書くと未定義動作になります。 「未定義動作」というのは口に出すだけでC++プログラマーを震え上がらせる力を持った言葉です。「鼻から悪魔が出てくる」という言葉で説明...
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LAMMPS入門の手引き 4:LAMMPS内部のオブジェクトあれこれ
今回は例題はなくて解説がメインになります。 LAMMPSでは、コマンドを通して様々な設定をしますが、大きく分けると以下の2種類があります。 系にはじめから存在しており、コマンドを通して選んだり値...
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LAMMPS入門の手引き 2:動的な計算
さて、今回はいよいよ動力学計算を行っていきます。 今回扱うテーマはSiの加熱です。前回と同じFeの結晶(α鉄)でもよかったのですが、Si結晶(ダイヤモンド構造)のほうが疎な構造なので可視化したと...
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剛体3重振り子の物理シミュレーションの裏側
0. はじめに この記事はU-Tokyo mech (東京大学機械系) Advent Calendar 2018 25日目の記事です。 正確にはもう1月ですが、空いていたのを見つけたので、せっか...
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LAMMPS入門の手引き 1:静的な計算
今回は、例題を通してLAMMPSのスクリプトの骨組みを紹介していきます。各コマンドの簡単な解説も行います。 LAMMPSコマンドについて LAMMPSのコマンドの説明は公式がとても丁寧です。困っ...
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