結晶構造を知財用に作図する方法
目的 知財の図に結晶構造を使用する場合、グレースケールかつシンプルな図にする必要があります。VESTAだと適さない場合があるので簡単に変換する方法を備忘録として記しておきます。 VESTAでの処...
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材料コンペ（Nishika）の2位解法
はじめに Nishikaさん主催の材料コンペに参加し、2位に入賞することができました。 今回はその解法についての記事になります。 データや評価指標などはコンペのページをご参照ください。 前処理 ...
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機械学習ポテンシャルにstress計算を実装する
はじめに 前回の記事（機械学習ポテンシャル実装入門）では機械学習ポテンシャルを実装する方法について紹介しました。ここではさらに踏み込んで、結晶構造の構造緩和をするために必要なstress計算を実...
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結晶構造をjupyterlabでインタラクティブに可視化する
はじめに マテリアルズインフォマティクスの研究をしていると、jupyterlabで結晶構造を可視化したいことがよくあります。適当にグラフに原子をプロットすることも可能ですが、マウスでインタラクテ...
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pytorch-lightningのprogressbarが出力する内容を調査する
目的 pytorch-lightningのprogressbarで、出力が何の値であるかいまいち分からなかったので調査しました。以下の2点が対象です。 デフォルトで出力されるlossの値 tor...
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pytorch-lightningのModelCheckpointの挙動を確認する
目的 pytorch-lightningでvalidationのlossが小さいモデルを保存したいとき、ModelCheckpointを使います。ドキュメントにはmonitorにlossの名前を...
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機械学習ポテンシャル実装入門
はじめに 機械学習ポテンシャル（NNP）は最近注目の技術ですが、実装について解説している記事が無く個人的に苦労したので、初学者用の解説記事を作りました。今回はGNNを用いたNNPについて取り上げ...
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ASEでGNNを用いたCalculatorを自作する
はじめに この記事ではASEで自作のCalculatorを実装する方法について解説します。材料分野でよく使われるGNNモデルを用いて結晶構造のエネルギーを算出するCalculatorを例とします...
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結晶・分子グラフの効率的なDataLoader実装を考える
はじめに 最近は結晶構造や分子構造をグラフ構造で表現し、機械学習を行うことが流行っています。特に、DFT計算でのエネルギーなどの出力をグラフニューラルネットワーク（GNN）で学習する、ニューラル...
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