proteinBERTを使いこなしたい
この記事は異業種データサイエンス研究会®で行った勉強会の内容＋αです。 proteinBERT proteinBERT 1は、 自己教師あり深層言語モデルの手法をタンパク質に応用した。 最先端の...
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アラインメントの残基番号を数える
はじめに 皆様は、アラインメントの残基番号って、どうやって数えていますか？ 例えば、Seq1 の n 番目の残基が Seq2 の何番目にアラインされるか知りたい場合です。 Clustal Ome...
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モチーフ検索による酵素の論理的探索をしたい
はじめに 天然には多様な糖質が存在しているため、その合成、分解に関わる糖質関連酵素の種類も多様化している。同じファミリーに分類される酵素であっても基質特異性が多様化していることが多く、アミノ酸配...
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バクテリアの CAZyme 遺伝子クラスターを網羅的に解析したい
目的 細菌や古細菌のゲノム上では、協働する遺伝子が近接して存在し、遺伝子クラスターを形成していることが多い（例：ラクトースオペロン）。 そのため、ある遺伝子の機能推定のために周辺遺伝子を調べるこ...
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バクテリアゲノムの共起ネットワーク解析
はじめに 共起ネットワークとは、文章中で単語同士が共起する（文章中にともに存在する）関係を表した図である。 テキストマイニングにおいて主に用いられる手法だが、これを 文章 → バクテリアのゲノム...
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CAZyデータベースからの配列の取得とFASTAファイルの取り扱い
大学院生の備忘録です はじめに Carbohydrate-Active enZYmes Database （CAZy Database）は、糖質関連酵素の分類を行っているデータベースである。CA...
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