Mean_Encodeをやってみた
概要 カテゴリカル変数の処理の仕方にMean_encodeというものがあります。 これは,カテゴリ別にターゲット変数の平均などの統計量を特徴量として渡すというもので、 それをPythonで実装し...
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windowsでmafftによるアライメント
mafftとは mafftとは複数のDNA配列やアミノ酸配列を一致するように並べるマルチプルアライメントツールである。 今回はwindowsでmafftを使う必要があったのでその際の操作を記録し...
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biopythonでNCBIのnuccoreデータベースからDNAデータをとってくる
概要 NCBIのnuccoreデータベースから 検索条件にあるDNAデータをfastaファイルで出力するというスクリプトを作る パッケージ読み込み,proxy設定 BiopythonのEntre...
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Pythonの環境構築メモ(Anaconda,biopython)
0_始めに 研究室でPythonを使うことになったので生物系に必要そうなパッケージをインストールしようと思った 調べてみるとデータ分析系のパッケージは大体Anacondaにあるらしいのでそれを入...
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DNAのデータ保存形式の扱い方(python)
NEXUS NEXUS Begin data; Dimensions ntax=287 nchar=10650; Format datatype=dna… みたいな感じで始まるデータの保存形式 ...
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pandasのデータ集計メモ
はじめに 最近Kaggleを始めたのですが,pandasで出来ることの便利さと多さ,それに付随してたまにメソッドを忘れてしまう問題が発生したのでメモ次いでにirisデータでデータをいじりまとめて...
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ABC075_C問題とD問題
問題はこちらから http://abc075.contest.atcoder.jp C問題 橋かどうかを判定する。 自分が考えたのは以下の二つの方法 1.その辺を除いたときにグラフが連結かを判定...
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win10,プロキシ下にてpipを利用する
自分用メモ pip install --proxy=http://username:password@proxy.hoge.jp:port
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Codefestival_equalB_A,B,C問題
問題はこちらから=>http://code-festival-2017-qualb.contest.atcoder.jp/assignments A問題 考え方 Pythonのスライスを利...
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pythonで二部グラフの判定
なぜやろうと思ったか http://code-festival-2017-qualb.contest.atcoder.jp/tasks/code_festival_2017_qualb_c これ...
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ABC07CとD問題
問題はhttp://abc007.contest.atcoder.jp/ C問題 解答の方針 蟻本でみかけた幅優先探索 実装するだけだった コード python:abc07c.py INF = ...
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ABC06CとD問題
問題はhttp://abc006.contest.atcoder.jp/ C問題 解答の方針 N人すべてを利用しないといけない、4本が人単位でとれる値の最大値なので 2N<M,M<4...
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ABC05CとD問題
問題はhttp://abc005.contest.atcoder.jp/ C問題 解答の方針 たこやき（A)、お客さん（B)ともに、最後列から参照する。 AとBの時間の差が許容時間（T)以下の時...
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ABC04CとD問題
問題はhttp://abc004.contest.atcoder.jp/ から C問題 解答の方針 入れ替えに周期性がある。 30回操作を行うと初期化するため、 N%30を利用する。 以下のよう...
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ABC03CとD問題
C問題 解答の方針 与えられたRから大きい順にK個取り出し、 取り出したものを小さい順から比較していけばいい。 高橋君のレートに各Rが引っ張られるので、近しいものから比較していけば、影響が小さく...
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ABC02CとD問題
C問題 問題はhttp://abc002.contest.atcoder.jp/tasks/abc002_3 から 解答の方針 外積使えばすぐできそうなので何も考えずNumpyを調べた。 コード...
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ABC01CとD問題
C問題 問題はhttp://abc001.contest.atcoder.jp/tasks/abc001_3 から 解答の方針 ごり押しの条件分岐で書けそうでもあったけど、さすがにめんどくさい。...
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