DNA
bioinformatics

windowsでmafftによるアライメント

mafftとは

mafftとは複数のDNA配列やアミノ酸配列を一致するように並べるマルチプルアライメントツールである。

今回はwindowsでmafftを使う必要があったのでその際の操作を記録しておく

インストール

https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/windows.html
こちらのURLの真ん中にあるALL-in-one versionを使用した

zipファイルをダウンロード後そのファイルを右クリックし展開する。
展開後mafft-winというファイルができていたらインストールは終了。

アライメント

mafft-winフォルダにアライメントしたいfastaファイルを移動する
また,アライメントあとのファイルの格納場所としてafter等と名前を付けてフォルダを作成する

一つのファイルをアライメントしたい場合は(https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/windows_without_cygwin.html)
こちらのホームページの通りにwindows powershellから行ったほうが簡単なのだが,
複数のファイルをアライメントする際はかなりの重労働であるのでbatファイルを作る。

メモ帳を開き下のテキストをコピーして貼り付ける

@echo off

for %%i in (*fasta) do (
echo %%i
mafft --ep --auto --inputorder %%i > after/%%i

) 
echo Done
pause

--ep,--auto,--inputorderの部分はアライメントに対する方法などを選択できる
https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/manual/manual.html
こちらのサイトを参考に